No es verdad, al final de OoT,Zelda regresa a Link a su epoca, justo antes de k tomara la Master Sword del pedestal del tiempo, y has de cuenta que nada a pasado, as de cuenta que se acaba en la parte en donde vez a Zelda por primera vez, y Ganondorf esta con el rey de Hyrule ablando, nada le ha pasado, en Twilight Princess es cuando ya esta encerrado en el Reino Oscuro por los Siete Sabios, pues es delatado por Link y Zelda,

De echo si es encerrado y ya que esta en el Reino Oscuro no le afecta el tiempo del mundo de la luz y por eso 100 años despues sale en wind waker.

otra respuesta: cronologicamente en zelda despues de OoT hay 3 finales. el primero es despues de tomar la espada maestra uno queda sellado por 7 años solo que uno no vuelve a despertar y ganon es sellado por 7 sabios (a link to the past). el segundo es terminando OoT ganondorf es condenado a muerte por los sabios de una epoca un poco posterior solo que este por poseer la trifuerza del poder intenta escapar y mata a uno de los sabios. los 6 restantes al ver que no podrian con él usaron el espejo crepuscular enviandolo al reino crepuscular. siglos despues regresa a atacar el reino de la luz dando origen al TP. en este final no recuerdan nada de lo que paso. el tercero luego de terminar el OoT la gente te reconoce como el heroe del tiempo y ganondorf es sellado por los 7 sabios. despues de varios siglos ganondorf rompe el sello y comienza a matar a los sabios de la epoca (TWW).